Baza BDO podlega ciągłym zmianom. Co chwila dodawane są kolejne zmiany mające na celu ulepszyć i ułatwić pracę w systemie, a także zapewnić skrupulatną ewidencję odpadów. Od 2023 roku pojawiło się kilka istotnych zmian dla użytkowników. Od 1 stycznia 2020 roku wpisy do rejestru dokonuje się tylko na wniosek elektroniczny. Wszystkie papierowe wnioski są odrzucane. Podmiotem odpowiedzialnym za prowadzenie BDO jest właściwy miejscowo marszałek województwa.